Ninja yapboz oyunu ekranının sağ ve sol tarafında puzzle parçaları bulunuyor. Orta tarafta ise resmi tamamlayacağınız kare alan bulunuyor. Sağ ve sol taraftaki parçaları orta taraftaki alana fare yada parmağınızla sürükleyip bırakıyorsunuz. Parçalar kendi yerlerine denk geldiklerinde sabitleniyor ve hareket etmiyor. Eğer kendi yerlerinde değilse yeniden sürükleyerek farklı bir yere taşıyabiliyorsunuz. Resmi tamamlarken önce dört köşedeki parçaları yerleştirmeniz gerekiyor. Sonra kenar parçaları tamamlayarak resmin ana hatlarını oluşturmuş oluyorsunuz. En sonunda da orta tarafta bulunan parçaları tamamlayarak resmi meydana çıkartıyorsunuz. İlk bölümlerde resimler az parçalara ayrılmıştır ve parçalar büyüktür. Bölümleri tamamlayıp yeni bölümlere geçtikçe hem parça sayısı artıyor hem de parçaların boyu küçülüyor. Yani ilerledikçe bölümler zorlaşıyor. Her yeni bölümde zeka seviyenizi biraz daha zorlayarak ninja yapboz oyunu oynamaya devam ediyorsunuz.
